Techniken

 

 

Die Arbeitsgruppe hat eine Next-Generation-Sequencing-Unit aufgebaut mit dem Schwerpunkt in der Analyse epigenetischer Profile. Experimentelle und bioinformatische Prozessierungs-Pipelines sind verfügbar für gesamtgenomische Analysen in Bereich der DNA Methylierung WGBS & und RRBS, der Histon-Modifikationen (ChIP-Seq) der Analyse offener Chromatin-Regionen ( ATAC-Seq, NoMe-Seq, DNaseI-Seq) und der Analyse von RNA-Expression (mRNA-, totalRNA-, smallRNA-, single cell RNA-Seq). Die AG verfügt über Illumina-Technologien (HiSeq2500 und MiSeq).

Zusätzlich werden genspezifische epigenetische Analysen durchgeführt vornehmlich mittel bisulfit-Tiefensqeunzierung auf der MiSeq Plattform. Bi-PROF, Hairpin-Bisulfite-Sequenzierung. Für die Verarbeitung komplexer Amplikonpools verfügt die AG über einen Pipettierroboter der Fa Hamilton.
Zudem verfügt die Arbeitsgruppe über ein C1 Single-Cell-AutoPrep/BiomarkHD-System (Fluidigm und BiomarkHD), mit dem Expressionsprofile und zielgerichtete SNP-Analysen auf Einzelzellebene durchgeführt werden können. Expertise besteht auch im Bereich Primer-Extension und HPLC-Trennung.

 

 

 

Außerdem besteht mit dem Cytena f.sight die Möglichkeit einzelne Zellen automatisiert nach Größe, Form und, wenn gewünscht, Fluoreszenz gezielt und schonend zu vereinzeln. Der f.sight hat damit ein breites Anwendungsspektrum von single cell RNA-seq oder single cell ATAC-seq bis hin zum Screening von Crispr-Cas9 Klonen.