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HiSeq2500
Der NGS-Sequenzierer HiSeq2500 von Illumina arbeitet mit einer Hochdurchsatz-Flowcell aus 8 Lanes und generiert hierbei bis zu 280 Millionen single-end oder paired-end Reads per Lane. Wir sequenzieren sowohl DNA- als auch RNA-basierte Libraries unterschiedlichster Anwendungen:
- DNA methylation sequencing (RRBS und Hairpin-Bisulfit)
- RNA-Seq (Gesamt-RNA, mRNA, Depletionsprotokolle, single-cell RNA-Seq)
- miRNA-Seq
- ChIP-Seq
Im Arbeitskreis werden zu sequenzierende Proben standardmäßig vorbereitet, die Libraries erstellt, die Next-Generation-Sequenzierung selbst sowie die bioinformatische Auswertung sämtlicher erhobener Daten mittels eigens für o.g. Anwendungen optimierter Pipelines durchgeführt (siehe Bioinformatik).
NextSeq500
Schneller, flexibler high-throughput Desktop-Sequenzierer mit High (ca. 110 Gb)- und Mid (ca. 35 Gb)-Output-Option. Es können 1 x 75bp (single read), 2 x 75bp und 2 x 150 bp (paired-end reads) sequenziert werden. Insgesamt sind somit bis zu 800 Millionen Reads (High Output) bzw. 260 Millionen Reads (Mid Output) möglich. Folgende DNA- und RNA-basierte Anwendungen werden von uns bearbeitet:
- DNA-Methylierung (RRBS, Hairpin-Bisulfit)
- RNA-Seq (Gesamt-RNA, mRNA, miRNA, single-cell RNA)
- ATAC-Seq
- ChIP-Seq
- Bakteriengenome (insb. Mikrobiome)
Der Arbeitskreis hat Erfahrung in der Erstellung von Libraries, Qualitätskontrolle, der Next-Generation-Sequenzierung selbst sowie der bioinformatischen Auswertung unter Verwendung selbst entwickelter bioinformatischer Pipelines (siehe Bioinformatik).
MiSeq
Der NGS-Sequenzierer MiSeq von Illumina sequenziert bis zu 22 Millionen paired-end Reads mit einer maximalen Länge von 2 x 300 bp. Kürzere Reads (2 x 250 bp, 2x 150 bp) mit weniger Durchsatz (Micro- und Nano-Flow Cells) können ebenfalls erstellt werden. Wir sequenzieren sowohl DNA-basierte Libraries unterschiedlichster Anwendungen:
- Lokale Tiefensequenzierung von Bisulfit-Amplikons
- 16s-rRNA-Sequenzierung
- Bakteriengenome
- Virusgenome (z.B. SARS-CoV2)
Der Arbeitskreis hat Erfahrung im Erstellung von Libraries, Qualitätskontrolle, der Next-Generation-Sequenzierung selbst sowie der bioinformatischen Auswertung unter Verwendung selbst entwickelter bioinformatischer Pipelines (siehe Bioinformatik).
Cytena f.sight
Beim Cytena f.sight handelt es sich um einen mikrofluidischen Einzelzellenspender mit Fluoreszenzsortierung. Das System arbeitet unter Niedrigdruck und minimiert so den Zellstress, wobei Kreuzkontaminationen durch Einwegkartuschen, die nicht gereinigt werden müssen, minimiert werden. Präzise und reproduzierbare Zelldeposition in PCR-Platten ermöglicht Downstream-Miniaturisierung mit Lysepuffervolumen von weniger als 1 μL. Die spezilisierte Beschichtung der Kartuschen ermöglicht ein breites Spektrum an Proben sowie geringe Variation von Kartusche zu Kartusche.
Somit besteht mit dem Cytena f.sight die Möglichkeit, einzelne Zellen automatisiert nach Größe, Form und, wenn gewünscht, Fluoreszenz gezielt und schonend zu vereinzeln. Der f.sight hat damit ein breites Anwendungsspektrum von single cell RNA-seq über single cell ATAC-seq bis hin zum Screening von Crispr-Cas9 Klonen.
Pipettierroboter STARlet
Für standardisierte Probenaufarbeitung und -prozessierung verfügt der Arbeitskreis über einen Pipettierroboter der Fa Hamilton. Es handelt sich um ein hochflexibles Pipettiersystem mit 8 getrennt steuerbaren Kanälen und Compressed O-Ring Expansion Technologie. Dies ermöglicht hochpräzises Pipettieren bis 0,5 µl und konsistente Resultate.
Der Pipettierroboter wird eingesetzt für die Erstellung von Libraries, Aufreinigung von Amplikons mittels Magnetischen Beads, Verdünnen und Poolen komplexer Probenmischungen, Vorbereitung von Amplikons/Libraries zur fluorometrische Messung.
HPLC-System WAVE3500
Der Arbeitskreis hat Erfahrung in HPLC-basierter Validierung einzelner Methylierungsstellen mittels Primer-Extension und gesamtgenomischer, relativer Quantifizierung von 5-Methylcytosin. Dazu wird das Ionenpaarungs-Reversphasen-HPLC-System WAVE3500 von Transgenomic verwendet.
Methylierung an CpG-Positionen oder Mutationen können so in Single- oder Multiplex-Anwendungen in vielen Proben in kurzer Zeit zu sehr geringen Kosten analysiert werden. So wurde die Methode vom Arbeitskreis beispielsweise zur sensitiven Bestimmung von SARS-CoV2-Varianten verwendet und im Open Forum Infectious Diseases publiziert.